碳交易的初衷是為了減排，如何低成本減排，且合理分攤減排責任，兼顧效率與公平是現階段探索和研究的關鍵性問題。

　　考慮我國經濟結構和產業發展的區域性差異，國家在確定覆蓋行業和控排企業的過程中，可以給地方留有一定的空間，或保持一定的靈活度，讓現行試點的控排企業有一個合理的過渡。

　　唐人虎表示，地方也可根據自身的實際條件和政策取向，考慮是否需要納入額外的行業或企業。

　　“以清華為例，作為北京的控排企業，我們已經有專門的部門——綠色校園辦公室來負責此項工作，今年，購買了大約1萬-2萬噸配額，完成了履約，也提出了減排措施以應對今后的履約工作。”張希良對記者表示，如果全國碳市統一后，有些問題還待解，如清華大學這類非工業排放大戶還是不是控排企業，還要不要參與碳交易，減排工作還要不要繼續。

　　在配額分配的方式和方法上，7個試點也做了多樣化的嘗試，其中歷史法應用較廣，但存在已釋放減排空間的先進企業反而得到更少的配額，且無法覆蓋新增產能的問題；基準法的使用可以補足歷史法的劣勢，但尺度的把握還存在難度和復雜性，應用方面還局限于電力和供暖行業；拍賣法的嘗試僅限于廣東和湖北兩個試點，被認為是成本效率最高的方式，但初期會加重企業負擔，降低國際競爭優勢。

　　每一種方式和方法都有它的利弊，綜合行業特點、區域差異、技術水平、淘汰落后產能等因素，混合式選用也不失為一種優化方案。

　　一位業內人士認為，靈活性在配額的分配過程中也是非常重要的。比如，重慶碳市在采用歷史分配法時，為避免“鞭打快牛”，在歷史排放量選取上做了靈活調整，設定為2008-2012年之間的最高年排放水平。