補貼機制不合理，實施過程存在瑕疵，金太陽工程“最后的清算”激起了業內部分反彈。一位金太陽業主稱，“應該分清楚哪些是蓄意拖延的，哪些確實有客觀原因。如果連電網的問題都要我們擔責，我不能理解!”

　　“金太陽工程規定申報有兩個‘路條’——電網路條和屋頂路條。有了這兩個路條，就可以去申報，申報成功就可以獲得一大筆財政補貼。很多基層電網開的路條，不少都是光伏企業為了拿項目，托人情，說不管并不并網，只要給我開個路條就行。”國家電網發展策劃部規劃二處副處長齊旭告訴《財經》記者，“路條只是原則同意，真正接入，還需要做非常多的工作”。

　　“業主感覺到并網難，有很多因素。”齊旭稱，企業拿到路條，獲得財政補貼后，需要找到電力設計部門做項目的可研和規劃，之后再向基層電網正式申請。“設備標準對不對，按照什么保護?線路有多長，怎么走，開關裝幾個?這些都需要前期就設計好，但往往根本沒有設計。真正能夠落實和并網的，就不到50%了。”

　　部分電力專家認為，金太陽工程將驗收環節前置，沒有考慮是否并網，表明決策和監管部門有些“外行”。

　　金太陽工程名義上是財政部、科技部和國家能源局三部委共管，但是控制補貼資金的財政部處于主導地位，能源項目管理經驗更豐富的國家能源局，在該項工程中的作用并不突出。

　　“其他所有的電源項目，都是要先由電網驗收才可以確認合格，唯有金太陽的驗收是先由鑒衡驗收，驗收完就可以獲得補貼尾款，再由電網來驗收。”中國電科院(17.960,-0.04,-0.22%)一位專家稱，并網驗收時，往往有諸多不符合電網標準的地方，“用戶會覺得很麻煩，有的企業干脆不申請并網，自發自用。”

　　國家電網公司的統計數據顯示，2012年5月，當時國家電網經營區的四批354個金太陽工程項目，只有157個提出接入前期申請，占比僅為44%。不僅僅是小的項目不申請并網，例如北京南站這類大型的屋頂光伏項目，至今也未申請并網。

　　在一次財政部、科技部、發改委牽頭召開的金太陽工程政策討論會議上，與會者把并網難的矛頭指向了電網。電網公司的參會代表說：“究竟是哪些企業的項目并網難，難在哪里，需要我們做什么工作?請主管部委開個單子給我們，我們一家一家去解決。”

　　“這次會議之后，等了很長時間，也沒等到主管部門開的單子。這個提議只好不了了之。”齊旭透露。

　　多位業主亦認為，以上各種工程延期的苦難，多與最初的制度設計有關，根據項目實際情況，監管者應該放寬金太陽工程竣工驗收的時限。

　　一位不愿具名的光伏設備商告訴《財經》記者，根據金太陽的項目規定，項目工期非常短，很少有人來得及好好做。他本來也是金太陽工程的有力支持者，但在看到項目文件后，擔心將來會出大問題，其所在公司參與較少。

　　另一位不愿具名的業主稱，國家能源局審批發電項目，一般